La construcción del Tren Maya ha provocado la destrucción y daño de aproximadamente 200 vestigios de la Cultura Maya en el Tramo 7, que va de Chetumal a Escárcega, según reportan organizaciones civiles y especialistas. Pobladores de comunidades como Nicolás Bravo, Francisco Villa, González Ortega, y áreas cercanas a la Zona Arqueológica de Kohunlich, afirman que los encargados de la obra han alterado estas áreas sin notificar al Instituto Nacional de Antropología e Historia (INAH).
Arqueólogos y especialistas han denunciado que las modificaciones realizadas para no afectar la ruta del Tren Maya han llevado a la desaparición de monumentos arqueológicos. A pesar de haber presentado pruebas fotográficas de los daños, ninguna autoridad ha emitido declaraciones sobre la situación. Además, se ha señalado que la orden de destruir las estructuras provino de la Secretaría de la Defensa Nacional (Sedena) sin dar oportunidad de rescatar piezas valiosas.
Los expertos han cuestionado el destino de miles de piezas arqueológicas reportadas en los informes oficiales, ya que, según sus testimonios, gran parte de estos vestigios han sido dañados o desaparecidos durante la construcción del tren.
