El 27 de junio de 1856 el Secretario del Gobierno Libre, Independiente y Soberano de Coahuila, Serapio Fragoso, convocaría al Alcalde para que se reunieron los electores para el domingo inmediato al 29 de junio de 1856 y proceder a la elección del nuevo presidente municipal y del comisario de policía para la hacienda de Patos. La reunión de los electores tendría verificativo con la presencia de los electores de Patos, teniendo como candidatos para la alcaldía a Jesús Carrillo y Valdés, Antonio Goríbar, Jesús Narro y Rodríguez y Victoriano Cepeda, ganando la contienda.
Ya habiendo regresado a Saltillo en 1858 se desligó temporalmente de la milicia y solicitó que se le admitiera como catedrático en el Colegio Nacional, sin lograrlo, acudió ante el Gobernador Santiago Vidaurri argumentando sobre sus servicios prestados a la República en calidad de capitán de milicias apoyado por varios amigos y vecinos de Saltillo, por lo que el Gobernador envió la orden de que se hiciera dicha readmisión. En términos generales, se tiene que entre 1850-1860 se desempeñó como profesor catedrático del Colegio Josefino, de hecho, documentos del Archivo Municipal de Saltillo señalan que todavía lo era en 1863. Tuvo, en febrero-marzo de 1859, problemas con José Grande y Luis Córdova, en un reclamo sobre una veta de plata, ubicada en Real de Catorce, San Luis Potosí, en la que Cepeda declaraba tener derechos, de lo que resultó que solo estos dos personajes terminaron demostrando que Cepeda, al no seguir trabajando con ellos, había perdido todo derecho sobre la mina. En abril de 1860 fue nombrado Recaudador de Rentas del Municipio de Saltillo.
En noviembre de 1868 Cepeda Camacho apoyó la transformación del Colegio Civil en el Colegio Ateneo Fuente de Saltillo, con los alumnos del primero, nombre dado en memoria del político Antonio de la Fuente, republicano que estuvo del lado de Juárez. Una vez reinstalado el gobierno de Benito Juárez regresó con sus tropas a Saltillo, eran los llamados “gorras prietas”, siendo recibidos como héroes. Así aceptó contender por la gubernatura y, por votación popular, fue electo Gobernador de Coahuila tomando posesión del cargo el 15 de diciembre de 1867 y permaneciendo hasta 1869. Después ocupó varias veces el mismo cargo, en pequeños intervalos, hasta 1873, cuando dejó el cargo debido a la labor de grupos políticos opositores de Coahuila, que lo acusaron de malos manejos.
Dentro de las obras realizadas durante su mandato destacan: la fundación de San Pedro de las Colonias en 1870; la creación de seis colonias militares para resguardar la frontera de los indios bárbaros; la abolición de las alcabalas, y la instalación de la línea telegráfica Saltillo-México. Al disminuir la popularidad del Presidente Juárez, desde luego que hubo gobierno estatales que se mantuvieron firmes en su apoyo, uno de dichos gobiernos sería el de Coahuila, al respecto se tiene que en 1869 hubo necesidad de someter al orden por segunda vez al incorregible poblano Miguel Negrete; y por primera a Desidero Díaz en Tlacotalpan, a Francisco Díaz y Pedro Martínez en San Luis Potosí, así como al rebelde crónico de Zacatecas y cacique Trinidad García de la Cadena, y a Jesús Toledo en Aguascalientes, contra estos cuatro últimos habrían de cooperar a su derrota fuerzas coahuilenses, integradas con vecinos de todos los municipios de Coahuila, bajo el mando del Coronel Victoriano Cepeda, combatiendo entre febrero y junio de 1870.
Cuando llegaron a Saltillo noticias del levantamiento armado de los gobiernos de San Luis Potosí y Zacatecas en contra de Juárez, desconociéndose como tal, en noviembre de 1869, de inmediato se comenzaron a tomar medidas para proceder a su sometimiento, por lo que el 2 de enero de 1870, el Ministro de Guerra y Marina, General Tomás Mejía enviaría al Gobernador de Coahuila, Victoriano Cepeda, el comunicado mediante el cual le informaba que el Presidente Juárez estaba enterado y complacido de que se hubiesen a reunir reemplazos para las tropas federales que debían marchar hacia la ciudad de San Luis Potosí.
El Gobernador Victoriano Cepeda (juarista indiscutible) apoyaría a Juárez; y por tanto organizaría una fuerza integrada con voluntarios de todos los municipios de Coahuila, para colaborar con el ejército federal, ya que los rebeldes controlaban los principales puntos del vecino estado, como Matehuala y Real de Catorce, desde donde amenazaban con invadir a Coahuila, a la vez que Cepeda entraría en contacto con los gobiernos de Nuevo León, Tamaulipas y Durango con el fin de unificar criterios y brindar todo su apoyo al gobierno legal de Juárez. Mientras que surgiría por el rumbo de Candela, al Noreste de Saltillo y al este de Monclova, una partida de rebeldes encabezada por un tal Juan López de la Cadena, quienes asaltaron varios pueblos y exigiría préstamos forzosos, por lo que serían perseguidos, lo que lo llevaría a que se refugiaron en Nuevo León, más al regresar López a Coahuila sería capturado, y encarcelado en Saltillo. El movimiento de San Luis Potosí habría sido reprimido y con ello se restablecería la tranquilidad en el Noreste de la República, pero con el fin de evitar futuros levantamientos Juárez decretaría la amnistía general, con lo que los delitos de López quedarían impunes, pues se acogió a dicha Ley.
Debido a que Porfirio Díaz Mori lo consideraba como una amenaza latente hacia su gobierno, le ordenó que pasara a vivir a la Ciudad de México, estableciéndose en la Villa de Guadalupe, al Norte de la Ciudad, donde falleció en 1892, siendo su cuerpo trasladado a Saltillo, descansa en la Rotonda de Coahuilenses Ilustres.
